El caso del castillo de Peracense, su historia resulta excepcional, puesto que su emplazamiento ha sido testigo del paso de varias sociedades que han dejado su testimonio y que la arqueología ha permitido sacar del olvido.
El indicio más antiguo de ocupación humana en el emplazamiento del castillo de Peracense es de época prehistórica, de la Edad de Bronce (hace 3.300/2800 años aproximadamente), periodo caracterizado por el desarrollo de los primeros poblados estables y numerosos cambios sociales y económicos derivados por el desarrollo de la metalurgia del bronce. Se conserva un interesante conjunto de elementos grabados en la roca, como canalillos y oquedades llamadas cazoletas, que suelen relacionarse con rituales de fertilidad mediante el aprovechamiento de agua de lluvia. De ese modo, una pequeña comunidad se instaló al cobijo de los grandes tormos de roca, de la que hemos conservado también numerosas cerámicas elaboradas a mano, sometidas a un cuidadoso trabajo de bruñido y decoración.
Es posible que en la época celtíbera y romana (hace 2500-1900 años aproximadamente) el enclave volviera a ocuparse debido a sus excepcionales posibilidades defensivas.
Durante los siglos IV a.C. y II d.C. este sector del Sistema Ibérico experimentó un gran desarrollo socioeconómico relacionado con la expansión agropecuaria, pero sobre todo con la explotación del mineral de hierro. La riqueza que trajo esta actividad económica implicó un aumento demográfico y surgimiento de nuevos poblados situados en alto, algunos de los cuales se dotaron de potentes murallas ciclópeas.
En el periodo romano continuó la explotación del mineral de hierro, actividad controlada desde la importante ciudad de La Caridad (Caminreal, Teruel) en época republicana, aunque la ocupación en el emplazamiento del castillo de redujo a un asentamiento menor.
Durante la llamada Antigüedad tardía (hace 1700/1300 años aproximadamente) con la caída de la población, disminuyeron las actividades mineras y metalúrgicas; No obstante, a lo largo del siglo X, la llegada de nuevos pobladores procedentes del Norte de África y la consolidación del estado y sociedad islámica llevaron a un periodo de crecimiento económico y demográfico. El nuevo estado con capital en Córdoba, el califato y después en Albarracín, la taifa, pondrá sus ojos en el control de sus fronteras y de sus recursos, como las minas de hierro de Sierra Menera. Esta actividad tuvo su reflejo en el desarrollo de un nuevo poblado en el castillo, con restos arqueológicos del siglo XI. Teniendo en cuenta las condiciones defensivas del paraje y su proximidad a las minas, es muy probable que se dotase de una pequeña fortificación, al igual que ocurre en el castillo de Arrodenes (Rodenas) y Las Saletas (Villafranca del Campo).
Tras la conquista aragonesa de este territorio a mediados del siglo XII se verá incrementada la importancia estratégica de su emplazamiento. En el año 1211 se cita por primera vez el término Peracels. La administración de este dominio pasó por varios caballeros o tenentes hasta que quedó en manos de los Ximénez de Urrea, quizás desde mediados del siglo XIII. De este modo la fortaleza de Pieraselz se convirtió en sede de un señorío desde finales de la centuria. El alto valor estratégico que tenía esta fortificación por sus condiciones defensivas llevó a que fuera adquirido por el rey de Aragón en 1312 junto con su término y el de Almohaja, y así, incorporarlo a la red de fortalezas en la frontera con el vecino reino de Castilla. De este modo quedó adscrito a la extensa comunidad de aldeas de Daroca, entidad administrativa que se encargó de su abastecimiento y financiación.
A partir de mediados de esa centuria (hace 750 años aproximadamente) es cuando comenzó a construirse la fortaleza del castillo de Peracense. No obstante, se fue ampliando y reparando durante los siglos XIV y XV hasta adquirir el aspecto actual.
Durante la guerra de los Pedros, la fortaleza adquirió una mayor importancia.
A partir del siglo XVI, con la unión dinástica de las coronas de Aragón y Castilla, la mayoría de los castillos fronterizos perdieron utilidad, pasando a desempeñar cometidos menores. En el caso del castillo de Peracense, su papel se limitó a cárcel de la Comunidad y ciudad de Daroca hasta 1834. Alejada de Daroca, esta cárcel ofrecía buenas condiciones, contando en 1562 con dos cadenas y argollas para los presos.
Sim embargo, durante la I Guerra Carlista (1833-1840) el castillo de Peracense fue reutilizado y transformado por un contingente militar del ejército liberal, que tuvo que hacer frente a varios ataques carlistas en 1837 y 1839 cuando se llegó a tomar el pueblo de Peracense.
En un momento dado, quedó en manos del Ayuntamiento de Peracense siendo disputado por el de Rodenas. La fortaleza perdió todo uso y quedó abandonada. Fue objeto de saqueo de materiales constructivos y su interior fue usado como cantera de piedras de afilar.
Durante la postguerra (19680/1960) el interior del castillo fue utilizado como zona de pastos gracias a sus grandes explanadas donde crecía mucha hierba.